Храм Спаса Нерукотворного Образа на Сетуни был построен в 1674-1676 гг. в подмосковном селе Манухино, принадлежавшем одному из наиболее влиятельных бояр времён царствования Алексея Михайловича –Матвееву А.С.
Во время нашествия французов в 1812 году храм был разграблен и осквернён, в связи с чем после изгнания неприятеля, в декабре того же года, освящён.
В 1941 году храм был закрыт. С тех пор в храме располагались сменяющиеся одно за другим пром. предприятия.
В 1968 году храм передан Министерству Культуры РСФСР. Был разработан проект реставрации, однако она была приостановлена практически сразу после начала.
Пустой, полуразрушенный, загрязнённый промышленными отходами, окружённый строительными лесами – именно в таком виде храм был возвращён верующим в 1989 году.
К 1990 году были восстановлены верх шатра колокольни и пятиглавое завершение четверика. 16 июля 1996 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II был освящён главный престол. В двухтысячные годы стены храма были расписаны артелью «Радость» под руководством Бориса Алексеевича Алексеева.