1 сентября 1910 года, в годовщину совета в Филях, на средства московского общества хоругвеносцев рядом с Кутузовской избой была заложена часовня в честь Архангела Михаила, в память именин М. И. Кутузова.
Часовню, приписанную к Покровскому храму, освятили 9 сентября 1912 года.
В ноябре 1920 года часовня по просьбе местных жителей была превращена в храм архангела Михаила, который стал для них приходским.
В марте 1930 года Моссовет закрыл церковь архангела Михаила и передал его здания под столовую. Вместе с ней закрыли и музей М. И. Кутузова. При закрытии храма был снесён его купол. Благодаря П. Д. Барановскому, входившему в экспертную комиссию по оценке памятника, было остановлено варварское разрушение храма.
Здание часовни в 1989 году было назначено для открытия музея М. И. Кутузова, но в мае 1994 года часовню вернули Московской Патриархии, при этом вернув ей изначальный облик. На средства прихожан и благотворителей нишу алтарной апсиды снаружи украсила мозаичная икона архангела Михаила в «византийском» стиле, а внутри храм расписала стенописная артель «Радость».